生命科学部Faculty of Bioscience and Applied Chemistry
FRI200YB（情報学フロンティア / Frontiers of informatics 200）生命科学データベース論・演習Life Science Data Base
内古閑 伸之Nobuyuki UCHIKOGA
授業コードなどClass code etc
| 学部・研究科Faculty/Graduate school | 生命科学部Faculty of Bioscience and Applied Chemistry |
| 添付ファイル名Attached documents | |
| 年度Year | 2024 |
| 授業コードClass code | H7514 |
| 旧授業コードPrevious Class code | |
| 旧科目名Previous Class title | |
| 開講時期Term | 秋学期授業/Fall |
| 曜日・時限Day/Period | 木2/Thu.2 |
| 科目種別Class Type | |
| キャンパスCampus | 小金井 |
| 教室名称Classroom name | 各学部・研究科等の時間割等で確認 |
| 配当年次Grade | |
| 単位数Credit(s) | |
| 備考（履修条件等）Notes | |
| 他学部公開科目Open Program | |
| 他学部公開（履修条件等）Open Program (Notes) | |
| グローバル・オープン科目Global Open Program | |
| 成績優秀者の他学部科目履修制度対象Interdepartmental class taking system for Academic Achievers | |
| 成績優秀者の他学部科目履修（履修条件等）Interdepartmental class taking system for Academic Achievers (Notes) | |
| 実務経験のある教員による授業科目Class taught by instructors with practical experience | |
| SDGsCPSDGs CP | |
| アーバンデザインCPUrban Design CP | |
| ダイバーシティCPDiversity CP | |
| 未来教室CPLearning for the Future CP | |
| カーボンニュートラルCPCarbon Neutral CP | |
| 千代田コンソ単位互換提供（他大学向け）Chiyoda Campus Consortium | |
| カテゴリー＜生命科学部＞Category |
生命機能学科 学科専門科目 |
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Outline (in English)
[Course outline] Biological databases have been developed and anyone can access these data through internet circumstances. To understand biology, students are expected to use such biological data.
[Learning activities outside of classroom] The standard study period outside of class time for preparation and review for this class is 4 hours.
Students are expected to download the materials from the learning support system, read through them beforehand, and if possible, actually follow the procedures and check for any questions. After the class, students are expected to repeat the procedures in the class and operate them by their own hands.
Students are expected to use their own PCs in this lecture, so please do not neglect the maintenance of your PCs and make full use of them in class and in the exercises.
[Grading Criteria/Policy] Grading will be based on regular marks (60%) and assignment reports for each topic (40%).
授業で使用する言語Default language used in class
日本語 / Japanese
授業の概要と目的（何を学ぶか）Outline and objectives
生命科学を情報科学の視点や概念からアプローチするために、生命を構成する遺伝子やゲノム，タンパク質等の具体的な情報を，コンピュータを使って整理・解析するための基礎的な手法を修得します。本講義では基本的な生命情報の最低限のデータベースやツールの操作を扱いますが、本講義で得た知識と経験をふまえれば発展的な分野にも対応できるようになることを目標とします。
到達目標Goal
演習を通して基本的な生命情報にアクセスすることができ、また、必要に応じたデータベース検索と解析が行えるように習得することを目指します。
この授業を履修することで学部等のディプロマポリシーに示されたどの能力を習得することができるか（該当授業科目と学位授与方針に明示された学習成果との関連）Which item of the diploma policy will be obtained by taking this class?
DP2
授業で使用する言語Default language used in class
日本語 / Japanese
授業の進め方と方法Method(s)（学期の途中で変更になる場合には、別途提示します。 /If the Method(s) is changed, we will announce the details of any changes. ）
貸与PCを使って、実際に提供されているWebサイトにアクセスし、生命科学に関連するデータの収集法および解析方法を指導する。
課題等の提出・フィードバックは「学習支援システム」を通じて行う予定です。
アクティブラーニング（グループディスカッション、ディベート等）の実施Active learning in class (Group discussion, Debate.etc.)
あり / Yes
フィールドワーク（学外での実習等）の実施Fieldwork in class
なし / No
授業計画Schedule
授業形態/methods of teaching：対面/face to face
※各回の授業形態は予定です。教員の指示に従ってください。
第1回[対面/face to face]：ガイダンス
生命情報科学概論１
第2回[対面/face to face]：生命情報科学の概要
生命情報科学概論２
第3回[対面/face to face]：文献検索１
医学・生物学のための文献検索，キーワード検索
第4回[対面/face to face]：文献検索２
文献検索演習
第5回[対面/face to face]：核酸配列情報の解析１
キーワードによる配列検索
第6回[対面/face to face]：核酸配列情報の解析２
核酸配列による類似配列の検索
第7回[対面/face to face]：核酸配列情報の解析３
ヒトゲノム全体の概観、および様々なゲノム内要素の調査
第8回[対面/face to face]：核酸配列情報の解析４
核酸配列解析演習
第9回[対面/face to face]：アミノ酸配列情報の解析１
アミノ酸配列およびタンパク質情報の概要
第10回[対面/face to face]：アミノ酸配列情報の解析２
アミノ酸配列の類似配列解析
第11回[対面/face to face]：タンパク質立体構造情報の解析１
タンパク質立体構造データベースの利用
第12回[対面/face to face]：タンパク質立体構造情報の解析２
立体構造可視化ツールの操作法
第13回[対面/face to face]：パスウェイ情報の解析
パスウェイデータベースの利用と、タンパク質間相互作用に着目したネットワーク解析
第14回[対面/face to face]：バイオインフォマティクスの実際
生命情報を用いた研究の紹介
授業時間外の学習（準備学習・復習・宿題等）Work to be done outside of class (preparation, etc.)
【本授業の準備・復習等の授業時間外学習は、4時間を標準とする】
資料は学習支援システムから各自ダウンロードし、事前にひと通り目を通し、可能なら実際に手順に従って操作し、疑問点などをチェックしておくこと。また授業後は、授業中に行った手順をもう一度、自らの手で実際に操作すること。
本講義では各自のPCを利用するので、PCのメンテナンスを怠ることなく、授業および演習でPCを十分に活用してほしい。
テキスト（教科書）Textbooks
講義資料を学内の「授業支援システム・教材」にて配布する。
参考書References
とくに指定しない
成績評価の方法と基準Grading criteria
平常点(60%)およびトピックス毎の課題レポート(40%)で成績評価する。
学生の意見等からの気づきChanges following student comments
演習では、パソコン操作が苦手な学生と得意な学生とのひらきがある。わかりやすい資料の作成につとめるが、わからなない場合は自身で調査したり質問したりしてほしい。
学生が準備すべき機器他Equipment student needs to prepare
ネットワークを利用したデータベースやツールを利用するので、貸与PCなどを各自準備すること。