生命科学部Faculty of Bioscience and Applied Chemistry
BOA200YD（境界農学 / Boundary agriculture 200）植物医科インフォマティクス演習Seminar in Clinical Plant Informatics
大島 研郎Kenro OSHIMA
授業コードなどClass code etc
| 学部・研究科Faculty/Graduate school | 生命科学部Faculty of Bioscience and Applied Chemistry |
| 添付ファイル名Attached documents | |
| 年度Year | 2022 |
| 授業コードClass code | H8119 |
| 旧授業コードPrevious Class code | |
| 旧科目名Previous Class title | |
| 開講時期Term | 秋学期授業/Fall |
| 曜日・時限Day/Period | 金2/Fri.2 |
| 科目種別Class Type | |
| キャンパスCampus | 小金井 |
| 教室名称Classroom name | 各学部・研究科等の時間割等で確認 |
| 配当年次Grade | |
| 単位数Credit(s) | |
| 備考（履修条件等）Notes | |
| 他学部公開科目Open Program | |
| 他学部公開（履修条件等）Open Program (Notes) | |
| グローバル・オープン科目Global Open Program | |
| 成績優秀者の他学部科目履修制度対象Interdepartmental class taking system for Academic Achievers | |
| 成績優秀者の他学部科目履修（履修条件等）Interdepartmental class taking system for Academic Achievers (Notes) | |
| 実務経験のある教員による授業科目Class taught by instructors with practical experience | |
| SDGsCPSDGs CP | |
| アーバンデザインCPUrban Design CP | |
| ダイバーシティCPDiversity CP | |
| 未来教室CPLearning for the Future CP | |
| カーボンニュートラルCPCarbon Neutral CP | |
| 千代田コンソ単位互換提供（他大学向け）Chiyoda Campus Consortium | |
| カテゴリー＜生命科学部＞Category |
応用植物科学科 学科専門科目 |
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Outline (in English)
The aim of this course is to help students acquire an understanding of the bioinformatics associated to plants and plant pathogenic bacteria. This course deals with the principles of statistics, DNA sequencing, and DNA cloning. This course also enhances the development of students’ skill in dealing with genomic data. Before/after each class meeting, students will be expected to spend four hours to understand the course content. Final grade will be decided based on short reports after each class meeting (36%), a term-end examination (50%), and in-class contribution (14%).
授業で使用する言語Default language used in class
日本語 / Japanese
授業の概要と目的（何を学ぶか）Outline and objectives
・植物医科学の分野でも、ゲノムや遺伝子組換えなどの知識・技術が必要である。また実験データを分析する機会も多いため、インフォマティクス（データサイエンス）を身に着けておくことが重要である。
・本授業では植物や微生物を題材にして、ゲノムやDNAの切り貼り、遺伝子組換えの方法などを学び、2年生の応用実験や3年生の専門実験で役立つスキルを身に着けることを目的とする。
到達目標Goal
DNAシークエンスや遺伝子組換えの手法を理解するとともに、表計算ソフトや画像解析の基礎を学ぶ。また、ゲノムデータベースを閲覧する方法や遺伝子の塩基配列を取得する方法など、ゲノム情報を活用するためのスキルを身につける。さらに、DNAの切り貼りや系統樹の作成法などを演習形式で学習することで、実験・実習や卒業研究で役立つ技術の習得を目指す。
この授業を履修することで学部等のディプロマポリシーに示されたどの能力を習得することができるか（該当授業科目と学位授与方針に明示された学習成果との関連）Which item of the diploma policy will be obtained by taking this class?
DP2
授業で使用する言語Default language used in class
日本語 / Japanese
授業の進め方と方法Method(s)（学期の途中で変更になる場合には、別途提示します。 /If the Method(s) is changed, we will announce the details of any changes. ）
・対面授業とZoomを併用した「ハイフレックス形式」で講義を行う。
・講義資料の解説と、パソコンを使った演習によって授業を進める。
・各回の終わりに課題を提示し、学習支援システムを通して解答してもらう。
・授業内に前回の課題について解説する。
アクティブラーニング（グループディスカッション、ディベート等）の実施Active learning in class (Group discussion, Debate.etc.)
あり / Yes
フィールドワーク（学外での実習等）の実施Fieldwork in class
なし / No
授業計画Schedule
授業形態/methods of teaching：対面/face to face
※各回の授業形態は予定です。教員の指示に従ってください。
第1回[オンライン/online]：はじめに
授業全体のガイダンス
第2回[対面/face to face]：植物病のデータを解析しよう
Excelを使って、実験データを解析する手法を学ぶ
第3回[対面/face to face]：実験データを比較解析しよう
Excelを使って有意差を検定する
第4回[対面/face to face]：植物病の画像データを解析しよう
画像解析ソフトを使って植物の病徴を解析する
第5回[対面/face to face]：ゲノムデータを見てみよう
植物やヒトのゲノムデータベースを閲覧する
第6回[対面/face to face]：DNAの配列を読んでみよう
塩基配列を決定する「DNAシークエンス」の手法を学ぶ
第7回[対面/face to face]：遺伝子の機能を予測しよう
相同性検索を使って遺伝子の機能を調べる
第8回[対面/face to face]：ゲノムを解読するには？
ゲノムDNAの中から遺伝子を探す方法を学ぶ
第9回[対面/face to face]：生物の進化を解析しよう
系統樹の描いて、生物の進化を解析する
第10回[対面/face to face]：遺伝子組換え技術を学ぼう
PCRや制限酵素の使い方など、遺伝子組換えの手法を学ぶ
第11回[対面/face to face]：DNAを切り貼りする方法を学ぼう
DNAを切り貼りする方法など、遺伝子組換え技術の基礎を学ぶ
第12回[対面/face to face]：遺伝子組換え植物について学ぼう
どうやって遺伝子組換え植物を作るのか？
第13回[対面/face to face]：ゲノムを解析して生命を理解しよう
生物の生存戦略を最先端の手法によって解析する
第14回[オンライン/online]：総括
講義内容の復習・確認
授業時間外の学習（準備学習・復習・宿題等）Work to be done outside of class (preparation, etc.)
・本授業の準備・復習等の授業時間外学習は、4時間を標準とする。
・授業内で提示された課題を解き、授業支援システムを使って解答を提出する。
テキスト（教科書）Textbooks
毎回、資料を配布する。
参考書References
植物医科学 第2版（養賢堂）
植物医科学実験マニュアル（大誠社）
植物たちの戦争 病原体との5億年サバイバルレース（講談社 ブルーバックス）
成績評価の方法と基準Grading criteria
期末試験(50%)、各回の課題(36%)、平常点(14%)により総合的に評価する。
学生の意見等からの気づきChanges following student comments
パソコンを活用した演習を取り入れるとともに、講義資料を穴埋め式にするなど、効率的に学習できるように工夫している。
学生が準備すべき機器他Equipment student needs to prepare
必要なソフトウェアについては、初回の授業内で説明する。